(2022年4月1日)
海事局付・即日辞職（港湾局港湾経済課長補佐）青木郁夫
港湾局港湾経済課長補佐（海事局総務課企画室課長補佐）菊池峰弘
海事局付・即日辞職（神戸運輸監理部長）石原彰
神戸運輸監理部長（国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所理事）田淵一浩
辞職（３月３１日付）（国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所理事（航空局交通管制部運用課長）後藤勝行
航空局交通管制部運用課長（国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所電子航法研究所研究統括監）髙橋健一
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(2016年9月1日)
大臣官房付（国立大学法人東京大学大学院公共政策学連携研究部特任教授）林泰三
休職・国立大学法人東京大学大学院公共政策学連携研究部特任教授（大臣官房付）長谷知治
大臣官房付・休職・学校法人日本大学経済学部教授（土地・建設産業局地価調査課長）上野賢一
大臣官房人事課付・交流派遣・東京海上日動火災保険株式会社企業商品業務部担当課長（土地・建設産業局不動産業課不動産業政策調整官）杉田雅嗣
土地・建設産業局不動産業課不動産業政策調整官（大臣官房人事課長補佐）叶雅仁
大臣官房総務課付（独立行政法人自動車事故対策機構総務部アシスタントマネージャー）鍛治幸雄
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