(2022年4月1日)
海事局付・即日辞職（港湾局港湾経済課長補佐）青木郁夫
港湾局港湾経済課長補佐（海事局総務課企画室課長補佐）菊池峰弘
海事局付・即日辞職（神戸運輸監理部長）石原彰
神戸運輸監理部長（国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所理事）田淵一浩
辞職（３月３１日付）（国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所理事（航空局交通管制部運用課長）後藤勝行
航空局交通管制部運用課長（国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所電子航法研究所研究統括監）髙橋健一
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(2018年1月16日)
営業統括部長（営業統括本部長）社長兼ＣＯＯ、岩崎高治
開発統括部長（開発統括本部長兼渉外担当）専務秘書室長、並木利昭
営業副統括部長（営業統括本部副本部長）常務、幸英樹
インフラ統括兼情報戦略本部長（経営企画本部長兼新規事業担当）常務、角野喬
コーポレート統括部長（管理統括本部長）常務、森下留寿
コーポレート統括補佐（管理統括本部副本部長）取締役財経本部長、内田良一
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(2014年9月16日)
管理統括本部担当部長兼広報兼社会・環境推進、上田隆
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(2014年2月1日)
錦糸町駅前（吉川栄町）鎌田雄二
吉川栄町（目黒大橋）持田泰助
目黒大橋、篠宮貴行
エクストラ大泉学園駅前（中野駅前）川村博紀
中野駅前（浅草）佐々木年男
浅草（舎人）安藤稔真
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