(2020年4月1日)
大臣官房付・即日辞職（近畿運輸局長）八木一夫
近畿運輸局長（独立行政法人自動車事故対策機構理事）野澤和行
３月３１日付辞職日本小型船舶検査機構理事（大臣官房技術審議官海事局担当）宮武宜史
大臣官房技術審議官海事局担当（海事局船舶産業課長）斎藤英明
大臣官房技術審議官・航空局担当（航空局付）松永康男
港湾局付・即日辞職（航空保安大学校長）長谷川武
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(2020年3月31日)
茨城労働局長、小奈健男
群馬労働局長、丸山陽一
石川労働局長、武隈義一
滋賀労働局長、待鳥浩二
京都労働局長、金刺義行
兵庫労働局長、荒木祥一
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(2020年3月31日)
近畿経済産業局通商部長、桑原靖雄
中国四国産業保安監督部長、河本健一
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(2020年3月31日)
資源・燃料部政策課長、西山英将
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