(2022年7月5日)
辞職７月４日付・独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構経営自立推進統括役（大臣官房付）伊地知英己
大臣官房付（観光庁国際観光部参事官）今井和哉
大臣官房付（外務省在シンガポール日本国大使館一等書記官）松島宇大
官房参事官（外務省在アメリカ合衆国日本国大使館参事官）羽矢憲史
住宅局建築指導課建築安全調査室企画専門官（奈良県地域デザイン推進局住まいまちづくり課長）石井宏典
辞職７月４日付・奈良県地域デザイン推進局住まいまちづくり課長（住宅局市街地建築課市街地住宅整備室企画専門官）自動車局総務課長（自動車局総務課長兼自動車局旅客長）原田修吾
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(2021年7月16日)
大臣官房付・即日辞職（関東運輸局次長）蔭山良幸
関東運輸局次長（総合政策局交通政策課長）中村広樹
交通政策課長（総合政策局物流政策課長）阿部竜矢
物流政策課長（内閣官房内閣参事官内閣官房副長官補付）高田公生
内閣官房内閣参事官内閣官房副長官補付出向（大臣官房付）髙木正人
東北大学法学研究科教授休職（大臣官房付）御手洗潤
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(2019年7月1日)
公共交通・物流政策審議官、瓦林康人
海外プロジェクト審議官、平井秀輝
四国地方整備局長、小林稔
国土交通大学校副校長、平井節生
中部地方整備局用地部長、望月雅彦
近畿地方整備局建政部長、藤岡啓太郎
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