(2016年6月24日)
近畿運輸局長（海事局次長）若林陽介
海事局次長（東北運輸局長）永松健次
東北運輸局長（海上保安庁交通部長）尾関良夫
港湾局総務課長（総合政策局物流政策課長）島田勘資
総合政策局物流政策課長（内閣法制局参事官）平嶋隆司
大臣官房付・即日辞職（近畿運輸局長）天谷直昭
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(2015年7月31日)
事務次官（技監）徳山日出男
技監（水管理・国土保全局長）池内幸司（いけうちこうじ）
水管理・国土保全局長（九州地方整備局長）金尾健司（かなおけんじ）
九州地方整備局長（九州地方整備局副局長）鈴木弘之
九州地方整備局副局長（愛知県建設部付）藤井元生
国土交通審議官（海事局長）森重俊也（もりしげとしや）
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(2013年1月1日)
気象庁次長（総務部長）岸本邦夫
総務部長（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構経営自立推進統括役）天谷直昭
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