(2016年6月24日)
近畿運輸局長（海事局次長）若林陽介
海事局次長（東北運輸局長）永松健次
東北運輸局長（海上保安庁交通部長）尾関良夫
港湾局総務課長（総合政策局物流政策課長）島田勘資
総合政策局物流政策課長（内閣法制局参事官）平嶋隆司
大臣官房付・即日辞職（近畿運輸局長）天谷直昭
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(2014年7月8日)
事務次官（国土交通審議官）本田勝
国土交通審議官（官房長）武藤浩
官房長（総合政策局長）西脇隆俊
総合政策局長（鉄道局長）滝口敬二
鉄道局長（総括審議官）藤田耕三
総括審議官（航空ネットワーク部長）奥田哲也
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(2013年7月1日)
交通部長（総務部政務課長）永松健次
総務部政務課長、一見勝之
総務部参事官、警備救難部担当（観光庁総務課長）河野春彦
海洋情報部担当（国土交通省官房運輸安全監理官）露木伸宏
総務部人事課長、篠部武嗣
警備救難部国際刑事課長、勝山潔
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