(2016年6月29日)
大臣官房付（首都高速道路株式会社執行役員）木下茂
関東運輸局次長（海事局総務課長）河村俊信
海事局総務課長（新関西国際空港株式会社総務部長）柏木隆久
官房参事官（大臣官房付 ）高橋広治
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(2016年6月28日)
鉄道局次長（官房審議官）水嶋智
大臣官房審議官（大臣官房付）山上範芳
道路局環境安全課長（中部地方整備局企画部長）森山誠二
中部地方整備局企画部長（水管理・国土保全局治水課事業監理室長）岡村次郎
大臣官房付・即日辞職（成田国際空港監査役）岡部直己
６月２７日付・大臣官房付・即日辞職・首都高速道路執行役員（内閣府沖縄総合事務局次長）柳橋則夫
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(2016年6月27日)
総合政策局情報政策課長、岩城宏幸
中部運輸局交通政策部長（観光部長）北原政宏
中部運輸局観光部長、沢田孝秋
航空局安全部空港安全・保安対策課長、坂克人
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(2016年6月24日)
近畿運輸局長（海事局次長）若林陽介
海事局次長（東北運輸局長）永松健次
東北運輸局長（海上保安庁交通部長）尾関良夫
港湾局総務課長（総合政策局物流政策課長）島田勘資
総合政策局物流政策課長（内閣法制局参事官）平嶋隆司
大臣官房付・即日辞職（近畿運輸局長）天谷直昭
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