(2016年6月24日)
近畿運輸局長（海事局次長）若林陽介
海事局次長（東北運輸局長）永松健次
東北運輸局長（海上保安庁交通部長）尾関良夫
港湾局総務課長（総合政策局物流政策課長）島田勘資
総合政策局物流政策課長（内閣法制局参事官）平嶋隆司
大臣官房付・即日辞職（近畿運輸局長）天谷直昭
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(2016年6月23日)
近畿地方整備局道路部長、東川直正
関東運輸局自動車交通部長、小椋康裕
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(2016年6月22日)
総合政策局公共交通政策部交通計画課長（内閣官房内閣参事官）金子正志
大臣官房付・出向・内閣官房内閣参事官（外務省在アメリカ合衆国日本国大使館参事官）田口芳郎
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(2016年6月21日)
関東地方整備局長（水管理・国土保全局治水課長）大西亘
総括審議官（総合政策局公共交通政策部長）蒲生篤実
総合政策局公共交通政策部長、松本年弘
国土交通政策研究所長、佐々木晶二
国土交通政策研究所副所長、川西徹
国土交通大学校副校長（水管理・国土保全局水資源部水資源計画課長）須見徹太郎
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