(2013年6月26日)
観光庁次長（航空局次長）佐藤善信
航空局次長（中部運輸局長）甲斐正彰
中部運輸局長（気象庁総務部長）野俣光孝
気象庁総務部長（自動車局総務課長）鈴木昭久
自動車局総務課長（運輸安全委員会事務局総務課長）松本年弘
海上保安庁第7管区海上保安本部次長（交通管制企画課長）西村典明
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(2013年6月25日)
辞職（観光庁次長）新関西国際空港会社取締役へ、志村格
同（空港安全・保安対策課長）成田国際空港会社上席執行役員へ、干山善幸
同（自動車情報課長）中部国際空港会社経営企画部長へ、土肥豊
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(2013年6月11日)
兼国土政策局長、官房長・、久保成人
辞職（国土政策局長）大森雅夫
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(2013年6月4日)
北海道局港政課長（港湾局付）深海正彦
辞職（北海道局港政課長）土木研究所寒地土木研究所研究調整監付上席研究員へ、笹島隆彦
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